Un caso di coscienza

Michael e Sara tentano di recuperare il contenuto della cassetta portasigari all'interno del club per fumatori ma sono costretti a fuggire per non essere catturati dalla polizia. Mahone riceve una telefonata da Cameron ancora ricoverato in ospedale e poco dopo viene avvisato riguardo gli ultimi spostamenti di C-Note. Dede, la figlioletta del fuggitivo, soffre infatti di una malattia ai reni e Mahone intuisce che entro breve tempo la bambina avrà bisogno di cure mediche. Michael scopre che tra i membri del club del club del governatore risulta iscritto anche l'ex-direttore del Fox River Henry Pope e assieme a Sara si reca a fargli visita a casa. Pope ovviamente non sembra intenzionato ad aiutarli ma Michael riesce a convincerlo in cambio di qualcosa. T-Bag continua a tenere in ostaggio la famiglia di Susan Hollander e li porta nella sua vecchia casa in Alabama. Qui, attraverso dei flash-back, abbiamo modo di scoprire il passato del giovane Theodore costretto a subire le attenzioni morbose del padre. L'automobile di Sucre si ferma lungo la strada per Ixtapa ma riesce a farsi dare un passaggio da un uomo che scopre poi essere una guardia della sicurezza dell'aeroporto della città messicana. Kim viene a sapere che Sara si trova a Chicago e che si è recata presso il club "Corona de Oro" e fa preparare immediatamente un jet per recarsi lui stesso sul posto. Pope entra nel club e, dopo aver aperto la cassetta portasigari di Tancredi, ne prende il contenuto: una chiavetta USB che contiene evidentemente una registrazione. Sucre riesce ad arrivare a Ixtapa e a incontrare la sua amata Maricruz ma i due devono fuggire rapidamente perché inseguiti dalla sicurezza dell'aeroporto che ha riconosciuto in Sucre il fuggitivo giunto dagli Stati Uniti. Le condizioni di Dede preoccupano molto C-Note che decide di farla visitare prima presso un ospedale - dove però viene scacciato perché privo di documenti e assicurazione medica - e poi presso un ambulatorio dove il dottore, che la visita solo in cambio di una cifra ingente di soldi, afferma che deve essere sottoposta a cure drastiche. L'uomo, disperato, decide di consegnarsi a Mahone: in cambio della libertà per la moglie farà però in modo di consegnargli Michael Scofield. T-Bag, dopo aver ricevuto una risposta negativa da parte di Susan, rinchiude la donna e i suoi due figli in un magazzino. Poco dopo però avverte la polizia che può quindi liberarli. Kim intercetta Pope all'uscita dal club e sta per obbligarlo in salire in macchina con lui quando interviene Michael che lo investe con l'automobile e Lincoln che lo prende a calci. Kellerman sta per salire in macchina con i suoi nuovi alleati quando Sara gli blocca la portiera e all'uomo non rimane altro che fuggire. Una volta in salvo, Michael rivela che aveva promesso a Pope di costituirsi ma l'ex-direttore che, nel frattempo ha ascoltato il contenuto della chiavetta USB, gli dice di continuare ciò che sta facendo per dimostrare l'innocenza di Linc. L'episodio si conclude con Michael che inserisce in un laptop la chiavetta USB...