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Haywire, che avevamo lasciato nell'ultimo episodio della prima stagione, continua il suo viaggio per la libertà in bicicletta e lo vediamo fermarsi presso un fast food dove tenta di mangiare e bere tutto quello che è a sua disposizione. Michael, Linc e T-Bag si avvicinano invece alla zona in cui era situato il Double K ranch e sulla quale ora sorge un complesso residenziale. Grazie ai ricordi di T-Bag e alle intuizioni di Michael, i tre riescono ad individuare con certezza la posizione del vecchio silos dove sono sotterrati i 5 milioni di $ di D.B. Cooper. Michael chiede a Tweener di ritornare al negozio di giardinaggio e di portar loro alcuni oggetti in modo da poter entrare in quella proprietà senza destare sospetti. Al negozio però, arriva un amico del proprietario che, insospettito dalla situazione, tenta di mettersi in contatto con lo sceriffo locale. Tweener lo ferma in tempo colpendolocon una pala e rinchiudendolo in uno sgabuzzino ma durante il viaggio di ritorno verso il complesso residenziale si dimentica di fare il pieno di benzina. Con la scusa di un guasto elettrico, Michael, Linc, T-Bag e Tweener entrano nel garage costruito sopra il silos. Poco dopo fanno irruzione nell'edificio anche C-Note e Sucre che si erano incontrati precedentemente lungo la statale e che pretendono anch'essi una parte del bottino. La proprietaria dello stabile, una donna piuttosto svampita, comincia a fare domande sulla presenza di così tanti uomini ma T-Bag riesce a distrarla facilmente tenendole compagnia. Haywire entra in una casa abitata da un'anziana signora cieca che pensa si tratti del figlio tornato a casa. Dopo essersi rifocillato, rimane impietrito di fronte ad un quadro raffigurante un silos e, in preda ad una sorta di raptus, lo scardina dalla cornice con un coltello da cucina. Sara riceve un nuovo origami da parte di Michael con impressa una serie di numeri, simili a quelli della volta scorsa. Il padre intanto ha riconosciuto Kellerman/Lance in un edificio governativo e le telefona dicendole di stare lontano da quell'uomo e di aver scoperto che Burrows è stato effettivamente incastrato. In quel momento però si presenta alle spalle di Sara proprio Kellerman che non potendo più contattare direttamente la Presidente Reynolds ora appare ancora più interessato ad eseguire il suo "lavoro". Mahone, intanto, è sempre più ossessionato dalla fuga di Michael e riesce a risalire alla zona in cui potrebbe essere sepolto il denaro di D.B. Cooper. Arrivato a Tooele, dopo alcune segnalazioni, riesce a catturare Tweener che nel frattempo era tornato in città a fare rifornimento in un distributore di benzina. Nel complesso residenziale, intanto, la donna confessa a T-Bag di essere interessata a Lincoln; questo scatena la reazione violenta dell'uomo. Poco dopo arriva sul luogo una pattuglia della polizia con a bordo una donna agente.