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Agli uffici dell'FBI arriva la notizia della cattura di Lincoln e suo figlio. Gli stessi agenti federali e Paul Kellerman tentano di mettersi in contatto con Mahone che però ha il telefono staccato. L'uomo nel frattempo è arrivato a Gila con l'intenzione di uccidere Michael. L'automobile della polizia con Lincoln e LJ viene speronata da un misterioso furgoncino nero. Poco dopo vi escono degli uomini che dicono di essere dalla loro parte e di lavorare per il padre. Sara ha preso una stanza nell'hotel indicatole da Michael negli origami. Le arriva un fax con il posto dove avverrà l'incontro. All'ora stabilita arriva Michael: la ragazza si mostra chiaramente fredda nei suoi confronti e gli dice che nel frattempo ha perso anche il padre. Michael si scusa per tutto quello che le è accaduto a causa sua e le dice che ha una soluzione: andare assieme a Panama. Alcuni istanti dopo arriva Mahone che, rintracciato il Sundown Hotel, è venuto a conoscenza del luogo dove i due si sarebbero incontrati. Dopo uno scontro tra le automobili, Michael e Sara si nascondono presso un magazzino. T-Bag continua ad essere torturato da Bellick e Geary ma l'uomo non dice alle due ex-guardie del Fox River dove ha nascosto i soldi di Westmoreland. Sucre contatta Theresa, la sorella di Maricruz, e la ragazza gli dice che entro un paio di ore le due partiranno per il Messico "sfruttando" il viaggio delle nozze poi saltate. Mentre Sara riesce ad uscire dal magazzino e raggiungere l'automobile di Mahone, Michael tenta di non farsi catturare dall'agente federale. Poco dopo, accortosi della presenza di una conduttura di gas propano, la apre e rinchiude Mahone in una gabbia metallica. L'agente ha sì la pistola ma se gli sparerà moriranno entrambi. Michael raggiunge quindi Sara e i due si dirigono in un motel. La telefonata che Sucre attendeva da Maricruz arriva ma l'uomo non può rispondere perché in quel momento giunge alla stazione di servizio una pattuglia della polizia. Poco dopo lascia un messaggio in segretaria in cui dice alla sua amata che la raggiungerà in Messico. Lincoln non si fida degli uomini che lo hanno preso e sta per scappare quando Jane gli dice che il padre non vede Michael da dieci anni (in realtà Michael non ha mai incontrato suo padre). In quel momento arriva però il padre che cerca di rassicurare il figlio e, dopo aver fatto la conoscenza del nipote LJ, gli dice che presto non dovranno più fuggire. Uno degli uomini del padre contatta però il signor Kim e gli dice che presto consegnerà alla Compagnia i tre Burrows. Bellick e Geray riescono ad avere da T-Bag la chiave dell'armadietto dove l'uomo ha nascosto i soldi. Dopo averlo legato a un termosifone, chiamano il 911 e raggiungono la stazione degli autobus. Qui Geary colpisce Bellick e si prende lo zaino con i soldi. Michael e Sara parlano ma la ragazza abbandona la stanza del motel mentre Michael si sta facendo una doccia. Scesa in automobile ripensa alla sua decisione e sta per raggiungerlo quando arriva Kellerman che la minaccia con una pistola.