Bang and Barn

Linc dice a Michael che hanno a disposizione altri quattro giorni per evadere e che al punto di scambio ha visto tre sacche per cadaveri, evidentemente destinate a loro due e LJ. Michael non riesce però a perdonare il fratello per avergli mentito riguardo Sara. Susan/Gretchen riceve la visita del "generale" che le ordina di fare un'irruzione e di distruggere ogni cosa; poco dopo lo riferisce a Whistler al quale dice anche di uccidere Scofield. Sofia riceve la telefonata del proprietario di un appartamento affittato a un certo James Whistler; la donna si reca poi nel posto e qui nota dei documenti sminuzzati e un passaporto dove il suo compagno risulta chiamarsi Gary Miller. Arriva però immediatamente Susan che intima la donna di starne fuori. Mahone racconta all'agente Lang di quando ha iniziato a drogarsi e la supplica di procurargli alcune pasticche in modo che possa presentarsi all'udienza in buone condizioni. Whistler sta per pugnalare Michael quando arriva Lechero con il quale i due avevano un appuntamento. Il piano del boss prevede infatti di scavare il tunnel che collegava l'ex-blocco [B] della prigione. Whistler, poiché si avvicina l'ora dell'irruzione, comincia però a mostrarsi molto nervoso. Linc e Sucre, intanto, prendono in affitto una casa nel bosco e registrano il suono di alcuni colpi di pistola. Michael chiede a McGrady di far recapitare tramite il padre un messaggio per Linc. Whistler dice a Sofia di stare lontana da Linc; la donna gli rivela quindi di essere a conoscenza dell'appartamento ma l'uomo nega assolutamente. Linc riceve il messaggio di Mike che recita "non tornare a casa per cena"; Sofia, intanto, lo raggiunge e gli racconta sia del passaporto di James sia della raccomandazione che il compagno le ha fatto; poco dopo, come prevedeva il fratello, vengono presi di mira da alcuni uomini di Susan, ma Linc riesce a disarmarli e a incastrare uno di loro che aveva preso in ostaggio la ragazza. L'agente Lang non fa in tempo a consegnare le pasticche a Mahone per l'udienza e l'uomo comincia a comportarsi di fronte i giudici ovviamente in maniera strana. Mentre Michael continua a nutrire dei dubbi riguardo Whistler, la telefonata di Linc gli offre la conferma che hanno deciso di farlo evadere senza di loro; lo raggiunge su una terrazza della prigione e si attacca al suo corpo che sta per saltare su un elicottero della Compagnia. Nel trambusto che nasce sono costretti per ad annullare la missione e lasciare quindi Whistler a Sona. Subito fa il suo ingresso in prigione un colonnello che prende immediatamente di mira Michael al quale dice che dovrà presto dire addio a Sona.