Sayid sceglie Jin e Bernard perché rimangano ad azionare le trappole per gli Altri. Fa promettere a Jack che, qualsiasi cosa succederà sulla spiaggia, lui continuerà a condurre i rimanenti sopravvissuti alla torre radio e gli confida di essere disposto a morire pur di salvare gli altri. Jack sembra essere d'accordo, e i due si salutano con una stretta di mano. Nello Specchio Charlie viene interrogato con metodi rudi da Greta e Bonnie, le occupanti della stazione. Vogliono sapere come abbia potuto trovare lo "specchio". Charlie dice di averlo saputo da Juliet. Bonnie e Greta vanno in un’altra stanza per comunicare via radio con Ben, ma Charlie riesce ad ascoltare e a vedere la luce gialla lampeggiante così come Desmond l'aveva descritta nella sua visione. Bonnie dice a Ben del tradimento di Juliet e della presenza nella stazione di Charlie. Ben ordina a Mikhail di scoprire come Charlie sia giunto alla Specchio, e confessa di aver mentito riguardo all'impossibilità di raggiungere la stazione. Ben prova a contattare il gruppo degli Altri incaricato del rapimento, ma le loro radio sono spente.
Alla spiaggia, il gruppo di Altri guidati da Ryan, Pryce e Tom iniziano a cercare le tende segnate. Quando si accorgono che le tende sono vuote è ormai troppo tardi: Sayid e Bernard sparano alla dinamite, causando una grande esplosione che uccide Ivan, Diane e tre Altri. La seconda tenda esplode, uccidendo alcuni degli Altri. Tuttavia, i tre Altri rimasti in vita catturano Jin, Sayid e Bernard. Da tutt'altra parte, il gruppo di Jack ha sentito solo due delle tre esplosioni che si aspettava. Tutti sono preoccupati che qualcosa sia andato storto, ma Jack richiama tutti sulla necessità di attenersi ai piani.
Nello Specchio l'interrogatorio di Charlie prosegue, e questi rivela che il suo scopo è disattivare il congegno che blocca le trasmissioni, ed è convinto di non aver bisogno del codice per disattivare il blocco, perchè la stazione Specchio sarà comunque allagata a breve… Ormai è l'alba e Ben decide di intercettare il gruppo di Jack, per non farli mettere in contatto con la nave di Naomi…
Nel frattempo nel gruppo guidato da Jack, Kate dice a Sawyer di voler tornare alla spiaggia per capire cosa sia successo. Sawyer risponde negativamente: Kate, allora, per scuotere James, gli rivela della possibilità che anche lei, oltre Sun, aspetti un bambino. Sawyer, seppure scosso, si augura che non sia vero.
Locke giace ancora riverso nella fossa comune della Dharma, anche se è già passato circa un giorno da quando Ben gli ha sparato. Non può muovere le gambe, ma riesce a prendere una pistola da uno dei cadaveri, e se la punta alla testa con intenti suicidi. In quel momento sente strani rumori in sottofondo, e improvvisamente appare Walt che gli intima di fermarsi. Il ragazzo dice a Locke che ha ancora una missione da compiere, e che quindi deve farsi forza e alzarsi. Un sorriso sembra comparire sul volto sofferente di Locke.
A circa un'ora di cammino dalla torre radio, Ben e Alex intercettano il gruppo di Jack, e Ben chiede di parlargli da solo. Gli spiega che Naomi fa parte dei "Cattivi" che stanno cercando l'isola, e che se ci dovessero riuscire, "ogni singola persona sull'isola" sarebbe stata uccisa. Jack si rifiuta però di consegnargli il telefono satellitare, Ben chiama quindi i suoi alla spiaggia facendosi sentire dal dottore, e ordina di uccidere Jin, Bernard e Sayid. Jack non cede tuttavia alla minaccia, e dopo poco si sentono via radio degli spari... Ne frattempo Mikhail viene a sapere del codice di sblocco che solo Bonnie, Greta e Ben conoscono e del fatto che la stazione avrebbe continuato a funzionare anche in caso di allagamento. Mikahil improvvisamente spara alle due donne, ma prima che possa dare il colpo di grazia alla seconda, Desmond esce da un nascondiglio e gli spara in pieno petto con un fucile a fiocina, si impossessa della sua pistola, mentre Charlie gli dice di non finire Bonnie, dato che hanno bisogno di sapere da lei il codice di sblocco. La donna, moribonda, rivela a Charlie il codice e spiega brevemente che il computer è stato programmato da un musicista, e che il codice di sblocco avrebbe di fatto suonato "Good Vibrations" dei Beach Boys.
Alla spiaggia Sayid, Bernard e Jin sono sempre sotto tiro, mentre nascosti nella boscaglia Sawyer e Juliet, disarmati, assistono impotenti alla scena. Mentre i due pensano al da farsi, Sawyer sente un rumore insolito: si tratta di Hurley che, recuperato il Furgoncino Dharma, irrompe improvvisamente sulla scena investendo in pieno Pryce… Nel frattempo Desmond si rende conto che il corpo di Mikhail è scomparso, e si volta correndo per tornare da Charlie. E' però tardi, Mikahil appare a Charlie attraverso un oblò, indossa una maschera da sub e brandisce una granata a mano...
In un flash forward Jack sta ricevendo alcuni medicamenti in un ospedale, quando entra Sarah, visibilmente incinta; l'ex moglie di Jack è ancora nella lista dei contatti da chiamare in caso di emergenza. Lei gli chiede se sia ubriaco, ma lui nega, allora gli chiede cosa ci facesse alle 2 del mattino in giro in macchina. Jack evita di rispondere, e chiede a Sarah di dargli un passaggio, ma lei rifiuta e se ne va. Non potendosi procurare l'Oxycodone in maniera legale, Jack decide di rubarlo dal magazzino dell'ospedale. Quando esce dalla stanza dove sono custoditi i farmaci, è visibilmente sotto effetto di qualche sostanza, probabilmente alcool. Incontra Hamill il quale gli chiede quanto abbia bevuto, e lui gli risponde di preoccuparsi di controllare quanto sia ubriaco suo padre, il dottor Christian Shephard.
Jack è nel suo appartamento, pieno di piatti sporchi, mappe e atlanti. Mentre si scola una bottiglia di tequila, finalmente riesce a contattare la persona che già due volte aveva provato a chiamare per telefono. Si mettono d'accordo per incontrarsi all'aeroporto, "tu sai dove" dice Jack…
Quando Michelle gli chiesto perché da non parla mai , semplicemente non risponde. Vi è implicitamente, nel primo episodio, e altri, che lo fa parlare con i suoi genitori, anche se in minima parte, anche se a seguito di incidente Tony inizia a parlare nuovamente. 
Benjamin cammina fino alla cella di Sawyer e gli chiede quale sia il suo peso e la sua età. Lui risponde di pesare 81 kg e di avere 35 anni, ma non appena Ben si avvicina, Sawyer lo afferra e prova ad innescare la scossa elettrica, ma non accade niente. Benjamin gli spiega che hanno spento l’elettricità, si libera dalla presa colpendolo e poi, una volta entrato nella gabbia, lo picchia ripetutamente facendogli perdere conoscenza. Sawyer rinviene e sente parlare di Colleen. Benjamin dice che Juliet si sta prendendo cura di lei. Uno degli altri da un bastone a Sawyer e gli dice di morderlo per il dolore, poi estrae un grande ago con cui gli dovrà attraversare lo sterno e Sawyer comincia urlare. Jack sente Sawyer che urla dal citofono.
Kate ha un'idea per passare attraverso le barre, ma Sawyer le spiega che sarebbe meglio calmarsi e valutare la situazione. Jack sente delle voci dal citofono e proprio in quel momento entra Juliet dicendogli che le serve il suo aiuto e che il sangue sul suo camice non è quello di Sawyer. Presso le gabbie di Sawyer e Kate l'allarme inizia a suonare per impedire ai due prigionieri di farsi sentire da Jack che passa lì davanti con il viso coperto da un sacchetto.
Desmond sta costruendo un’asta sulla spiaggia con vari legni e la mazza da golf. Hurley chiede a Desmond cosa sta facendo e lui gli risponde che sta eseguendo un esperimento, poi gli dice di aspettare, proprio in quel momento arriva una tempesta e un fulmine colpisce la costruzione di Desmond e Charlie capisce che quel lampo avrebbe potuto colpire la tenda di Claire. 
